Punakha fut la capitale du Bhoutan jusqu'au déplacement de la capitale à Thimphu en 1962. De par le passé, son dzong, bâtisse de 180 m de long, construit à la confluence des rivières Mo ("Mère") et Pho ("Père"), a abrité jusqu'à 600 moines, ainsi que l'assemblée nationale. Il a été restauré plusieurs fois à la suite d'incendies, d'inondations ou de séismes dans le respect des techniques de construction traditionnelle. Aujourd'hui, c'est la résidence d'hiver du roi.
La vallée de Punakha jouit d’un microclimat qui permet aux rhododendrons, magnolias, lauriers et figuiers de se développer en abondance, formant de beaux paysages. Par temps clair, on peut apercevoir une partie de la chaîne himalayenne.
La région regorge aussi de richesses artistiques et culturelles. Elle conserve notamment le corps embaumé de Shabdrung Ngawang Namgyel, le fondateur du Bhoutan (1594-1651).